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浮游植物是指水环境中以浮游状况生计的植物，多指水体中的藻类植物。藻类在水体中过度繁衍，会出现水华现象，也就是水体富营养化。近年来，生活污水含磷量大起伏提升，促使以磷为营养物质的藻类植物很多生长，遮盖水面，争夺水体中的溶解氧，影响阳光的射入，导致水体中的植物、动物生计环境恶化。因此，藻类植物成为生物监测范畴重要的指示生物。不同品种的藻类植物对不同污染物的反响有较大的差异，监测人员可以经过藻类的丰度、细胞密度、光合效果强度来进行判别。例如，石莼是一种重金属承受才能较高的藻类植物，可以有用富集水体中的重金属，被称为重金属污染的“哨兵”。小球藻是一种对苯并芘十分灵敏的藻类植物，苯并芘在小球藻中聚集，人们可以经过荧光显微镜进行观测和定位，这对于断定船只漏油、工业废水排放影响范围有较高的指示效果。
浮游动物主要包含无脊椎动物和脊椎动物的幼体，它们没有主动游水的才能，只能随着水波漂动。在自然水体中，浮游动物的散布非常广泛，对水体中污染物的影响也十分灵敏，且作为鱼类生物的捕食目标，也可以间接反映鱼类生物种群的一些改变，因此，浮游动物在生物监测范畴内发挥着重要效果。刺胞动物是一种接触重金属等污染物后会出现细胞体积改变的浮游动物，可以作为水体中重金属等污染物的指示生物。桡足类汤氏纺锤水蚤卵是脊椎动物的幼体，常用于量化硫化物等污染物的生物毒性，这种水蚤的繁衍才能、种群数量、死亡率都可以用于检测急性、缓慢有毒污染物的生物毒性，如农药污染。
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