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浮游植物是湖泊中重要的生物群落之一。在水产养殖中，人们对浮游植物的识别往往与水体营养水平、污染状况、资源状况、生产潜力等指标和标准密切相关。浮游植物是鱼虾蟹贝类的直接或间接饵料，维持微生态平衡，促进鱼虾蟹贝类达到生态防病的目的。因此，浮游植物检测在生态无公害养殖中可以起到非常重要的作用。
浮游植物检测水质的指示生物。水质与浮游植物的丰度和群落组成密切相关。浮游植物的减少或过度繁殖表明该地区的水质有恶化的趋势。根据浮游植物检测报告，近年来，中国近海浮游植物群落结构发生了较大变化，主要表现为物种多样性下降，生物量上升趋势明显，物种组成结构和优势种更替明显，优势种个体小型化趋势明显。
在水产养殖中，不同的养殖方式对水体中浮游植物群落有很大的影响。鱼类和贝类的取食活动是影响浮游植物群落结构的重要因素。它们对浮游植物的影响通常涉及种群数量、生物量、生物多样性和个体大小。人工养殖增加了水体和沉积物中N、P的含量，改变了原有的水化学平衡，也影响了水环境。在水动力学的作用下，影响还可能延伸到邻近水域的生态系统。
水污染的直接后果之一是浮游植物种类组成的变化。在未污染水体中，藻类种群组成因季节和环境因素而发生变化，但这种变化在特定水体中一般是有规律的;但在污染水体中，种群组成随污染物和污染程度的不同而变化不规则，特别是那些对低温等环境变化敏感、有机质含量低、在污染水体中透明度高的藻类。
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